De centrale doelstellingen van het NKO zijn: 

1 Geavanceerde analyse van individueel stemgedrag en verkiezingsuitslagen
Het Nationaal Kiezersonderzoek voorziet in de noodzakelijke gegevensverzameling en -distributie om universitaire onderzoekers in binnen- en buitenland in staat te stellen state-of-the-art onderzoek naar electorale verschijnselen te verrichten. Deze doelstelling is in het NKO geïnstitutionaliseerd in de vorm van het 'variabele deel' van de vragenlijsten.

2 Longitudinale analyse van individueel stemgedrag en verkiezingsuitslagen
Het Nationaal Kiezersonderzoek voorziet in de noodzakelijke gegevensverzameling en -distributie om universitaire onderzoekers in binnen- en buitenland in staat te stellen tijdsvergelijkend (longitudinaal) onderzoek naar electorale verschijnselen te verrichten. Deze doelstelling is in het NKO geïnstitutionaliseerd in de vorm van het 'vaste deel' van de vragenlijsten.

Naast deze twee inhoudelijke doelstellingen kan als derde doelstelling worden vermeld:

3 De verspreiding van de via het Nationaal Kiezersonderzoek verkregen kennis en kunde in de samenleving
Kort nadat de gegevens zijn verzameld worden de eerste resultaten van het onderzoek op een zo toegankelijk mogelijke wijze gepresenteerd in de vorm van een boek of monografie, meestal getooid met de titel 'De Nederlandse Kiezer'. Ook de verzamelde gegevens zelf worden zo spoedig mogelijk beschikbaar gesteld voor iedere geïnteresseerde onderzoeker. Deze website probeert meer inhoud te geven aan deze derde doelstelling.

Een vierde doelstelling komt voort uit de ambities van de internationale gemeenschap van kiezersonderzoekers:

4 Het bijdragen aan een beter inzicht in de werking van democratie en verkiezingen door deelname aan internationaal vergelijkende onderzoeksprojecten
Het Nationaal Kiezersonderzoek is één van de kiezersonderzoeken die in vele gevestigde en nieuwe democratieën over de gehele wereld worden gehouden. Het NKO neemt deel aan onderzoeksprojecten die als doel hebben om door internationale vergelijking een bijdrage te leveren aan de kennis over democratie en verkiezingen (zie onder 'samenwerking').